La Fondation Thiers a été créée en 1893 grâce à une donation consentie par Mlle Félicie Dosne, belle-sœur de Thiers, à l'Institut de France. Le projet trouvait ses racines profondes dans la volonté de bien des républicains conservateurs de l'époque, qui étaient les héritiers politiques de Thiers, de faciliter la restauration intellectuelle et morale de la France après la défaite de 1870-1871, en favorisant le développement des hautes études dans un pays dépassé dans ce domaine par l'Allemagne. Il rejoignait la réforme des études universitaires engagée depuis les années 1880. Il faisait partie des dernières volontés de la veuve de Thiers, exprimées avant sa mort en 1880. Une note du 6 avril 1882 que Félicie Dosne signa avec Auguste Mignet, historien qui faisait partie du groupe qui avait entouré Adolphe Thiers lors de ses travaux sur la Révolution et l'Empire, proposait que l'établissement envisagé soit réservé à "des jeunes gens déjà distingués par leur savoir et leur esprit" et que le champ disciplinaire couvert s'étende des "hautes sciences" à la "philosophie" et à l"histoire".
Diverses consultations conduiront à la mise au point définitive, entérinée par le premier Conseil d'administration, réuni en juin 1892.

Par un acte en date du 17 décembre de cette même année, Mademoiselle Dosne faisait don à la Fondation Thiers, bientôt reconnue d'utilité publique, d'une maison, rond-point Bugeaud, aujourd'hui place Adenauer, édifiée à cette fin par Alfred Aldrophe. Cet architecte était celui qui, vingt ans plus tôt, avait été chargé de reconstruire, aux frais de la Nation, l'hôtel de Thiers place Saint-Georges, incendié sous la Commune. À cet immeuble imposant, la donation de 1892 ajoutait la partie "classique" de la bibliothèque de Thiers, cartes et gravures comprises, et le capital supposé à cette époque nécessaire et suffisant au fonctionnement journalier du projet.

En effet, sans autre aide que la tutelle bienveillante, mais sans contribution financière, des cinq Académies, il s'agissait d'héberger et d'assurer largement le quotidien de quinze "pensionnaires", choisis par le Conseil d'administration sur dossier de candidature pour une durée maximale de trois ans, à raison d'un recrutement annuel par tiers. Toutes les disciplines des facultés de l'époque - Droit, Lettres, Médecine et Pharmacie, Sciences - étaient représentées. Avaient en effet le droit de présenter leur candidature, jusqu'à l'âge limite de vingt-six ans, les titulaires d'un doctorat en droit ou en médecine, d'une agrégation de lettres ou de sciences, ou d'un titre équivalent.

Bien entendu, la Fondation Thiers a subi d'importantes transformations au cours de son existence, même si le principe de base, le recrutement annuel de cinq Pensionnaires nommés pour trois ans afin de pouvoir se consacrer entièrement à leurs recherches dans des conditions confortables, s’est maintenu jusqu’à une date récente. Tout d'abord, très vite les disciplines littéraires ont dominé le recrutement, les Pensionnaires scientifiques ou juristes disparaissant complètement dans les années 1960. D'autre part à partir de 1987 la Fondation a recruté chaque année des Boursiers, dix puis sept, pour un an, également dans les disciplines littéraires, afin de leur permettre d'avancer dans de bonnes conditions la rédaction de leur thèse.

Mais les principaux changements sont venus de l'affaiblissement des ressources de la Fondation, dont les avoirs ont été sérieusement érodés par deux guerres mondiales, et la perte de valeur du franc. Après 1945 la Fondation se rétablit difficilement, mais n'est plus en mesure d'assurer le traitement des Pensionnaires. À partir de 1946 ceux-ci sont donc rattachés au CNRS, et sont rétribués directement par lui depuis 1950.

Mais l'entretien de l'immeuble de la place Adenauer, où continuaient à résider les Pensionnaires, était très lourd. C'est pourquoi le Conseil d'administration de la Fondation Thiers a décidé la dissolution de celle-ci le 4 janvier 1984, et le transfert de la totalité de ses avoirs à l'Institut de France. Le Conseil a souhaité le "maintien par l'Institut des dénominations de Fondation Thiers et de Pensionnaires de la Fondation Thiers". Depuis la réorganisation intervenue alors, la " Fondation Thiers - Centre de Recherches Humanistes " (c'est le nouveau nom de l'établissement) dont relèvent les Pensionnaires, est rattaché directement à l'Institut. Il est dirigé par un directeur, assisté d'une commission de neuf membres représentant les différentes Académies.

La suite logique fut la vente de l'hôtel de la place Adenauer en 1986. La Fondation fut alors logée au Palais de l'Institut, avant de rejoindre la Bibliothèque Thiers, place Saint-Georges, en 2009. Ajoutons cependant que ce fut la vente de l'hôtel historique de la Fondation qui permit de doter les Bourses annuelles instituées alors, Bourses qui accroissent de façon non négligeable le soutien que l'Institut de France, à travers la Fondation Thiers, apporte aux jeunes chercheurs.

Les rapports entre le CNRS et l'Institut ont été formalisés par la convention cadre conclue entre les deux organismes le 14 mars 2008, renouvelée le 11 avril 2012. Les recrutements des Pensionnaires, dans le domaine des disciplines relevant des sciences de l'homme et de la société, étaient effectués par une commission paritaire, comprenant les dix membres de la commission de la Fondation, et dix membres nommés par le CNRS. Les Pensionnaires de la Fondation Thiers jouissent du statut de chargés de recherche au CNRS pour trois ans. Cette convention n’a pas été renouvelée à son échéance en 2016 et le recrutement des Pensionnaires est suspendu depuis cette date. Quant aux Bourses, elles continuent à être versées par l'Institut de France et relèvent uniquement de lui.